I maj besluttede de to tidligere elevorganisationer, Danmarks Elevorganisation (DEO) og Folkeskoleelevernes Landsorganisation (FLO), at oprette Danske Skoleelever (DSE) som en overbygning på to foreninger. Der blev valgt fire talsmænd, to fra hver forening, som skulle repræsentere Danske Skoleelever ud af til. Danske Skoleelevers daglige drift blev varetaget af en styrelse, sammensat af medlemmer fra både FLO og DEO’s hovedbestyrelser.

Danske Skoleelever afholdte i april sin første ordinære generalforsamling, hvor FLO og DEO endeligt lægges sammen til én elevorganisation. Her blev Teis Volstrup valgt som formand og Katja Isa Sørensen som næstformand for DSE, dermed DSE’s første formandskab.

I 2005 blev Alexander Grandt Petersen valgt som formand for Danske Skoleelever, og Fie Louisa Knudsen tiltrådte som næstformand, men gav pladsen videre til Emilie Holm Sandholt kort efter. Dette år flyttede DSE’s sekretariat fra København til de kendte bygninger SEKTOR i Århus. Bygninger, som har været i elevbevægelsen i mange år.

I 2006 besluttede den daværende regering af afskaffe gruppeeksamen. Danske Skoleelever demonstrerede, sammen med 50.000 andre elever og studerende, imod afskaffelse. I 2006 valgte generalforsamlingen Anemone Birkebæk til formand for organisationen og Simon Christensen blev valgt som næstformand, men fratrådte ved årsskiftet og Signe Roslef Rieland tiltrådte herefter.

I forbindelse med folketingsvalget i 2007 afviklede Danske Skoleelever kampagnen Giv os lov. Kampagnen omhandlede retten til en undervisningsmiljø-lov, der sikrer elevernes ret til et godt undervisningsmiljø. Både Anemone og Signe blev genvalgt til deres poster i formandskabet.

I 2008 blev den yngste formand i DSE’s historie valgt. Troels Boldt Rømer gik kun i 7. klasse, da han første gang fik tillid fra generalforsamlingen til at varertage formandsposten. Aksel Christensen Silva blev valgt som næstformand. DSE udgav flere politiske oplæg i 2008: Giv Os (Nu En) Lov, som kritiserede den daværende lovgivning på undervisningsmiljøområdet, Prøverne På Prøve som omhandlede evalueringen af elever i den daglige undervisning og ved afgangsprøve og Minimumsrettigheder For Skoleelever som problematiserede de manglende rettigheder for elever.

I forbindelse med kommunalvalget i 2009 afviklede Dansk Ungdoms Fællesråd (DUF) en kampagne ved navn Ungvalg09, som Danske Skoleelever deltog aktivt i. Kampagnen havde til formål at sætte fokus på 16-års valgret. Troels blev genvalgt som formand og Philip Adam Dimsits Lerer blev valgt som næstformand. I 2009 satte DSE fokus på integration, mobning og evalueringskulturen i grundskolen, som det politiske oplæg Prøverne På Prøve havde problematiseret året forinden.

Regeringen fremlagde i 2010 et 360 graders eftersyn af folkeskolen, i dette eftersyn lagde undervisningsministeren Tina Nedergaard op til at fjerne klassekvotienten og derved gøre det muligt for skolerne at lave megaklasser. I den forbindelse afholdte DSE et topmøde, som ministeren deltog i, og lancerede deres nye kampagne Drop Megaklasserne. Drop Megaklasserne fik aktiveret en masse elever landet over, og der blev planlagt store demonstrationer i både København og Århus. Tina Nedergaard måtte, efter stort pres fra bl.a. Danske Skoleelever, trække sit forslag tilbage efter blot 16 dage. Troels blev endnu engang genvalgt, til sit nu sidste år, som formand og Puk Rasmussen blev valgt som næstformand. Danske Skoleelever, med formandskabet i spidsen, udgav det politiske oplæg En skole i verdensklasse, med ti bud til hvordan vi skaber den bedst mulige skole, som uddanner alle elever til at være innovative og demokratiske medborgere.

Danske Skoleelever afholdte for første gang et Weekendkursus, der havde til formål at uddanne elever i ledelse, aktivitetsplanlægning og hvordan man fik indflydelse som ung. I 2011 blev Vera Rosenbeck valgt som formand for organisationen, og Trisse Elisabeth Dyrløv Høegh valgt til næstformand. På samme generalforsamling besluttede foreningens medlemmer, at det næste års fokus skulle lægges på elevdemokrati. Danske Skoleelever oplevede stor vækst blandt medlemmer efter deres kampagne fra 2010 Drop Megaklasserne. I 2011 afholdte regionerne for første gang Pre-LK, som er et regionalt arrangement, der skal forberede regionens elever på den kommende Landskonference.

I forbindelse med generalforsamlingen 2011, var DSE’s fokus lagt på udbredelsen af elevdemokrati, så DSE lancerede derfor i starten af 2012 en ny kampagne ved navnet Speak-Up, der satte fokus på, om eleverne bliver hørt ude på skolerne. DSE sparkede kampagnen i gang med et dialogmøde på Christiansborg med interessenter på området. DSE afholdte for første gang skolebesøg, hvor der blev afholdt korte skoledebatter om elevdemokrati. Vera blev genvalgt som formand, og Mathias Green blev valgt som næstformand ved generalforsamlingen 2012. I december lancerede den daværende regering deres forslag til en ny folkeskole. Vera udtalte sig positivt om forslaget. Danske Skoleelever lavede en undersøgelse, der pegede på, at øget elevinddragelse i undervisningen styrker elevernes faglighed, trivsel og samfundsengagement. Danske Skoleelever tog på en længere studietur til Asien for at samle inspiration og viden om, hvorfor netop Kina og Singapore gjordet det så godt i de internationale test. Denne tur var inspirationen til et nyt politisk oplæg ved navn Elevernes Værdikamp.

Danske Skoleelever fik igennem finansloven bevilliget penge til Elevtelefonen. Elevtelefonen er en rådgivningslinje på skoleområdet, hvor det er elever, der rådgiver andre elever om skolerelaterede spørgsmål og problemer. I kraft af Elevtelefonen og de mange sekretariatsfrivillige blev sekretariatet SEKTOR for trangt, og der blev købt en bolig i Randers, hvor de frivillige både kunne bo og arbejde. D. 1 maj flyttede sekretariatet så adresse. I 2013 sparkede Danske Skoleelever gang i deres projekt Elevinddragelse, et projekt der handlede om at øge elevinddragelse og give elever, lærere og skoleledere værktøjer og metoder til at kunne arbejde målrettet med elevinddragelse i undervisningens planlægning, udførelse og evaluering. Det projekt var et 3-årigt projekt for elever i udskolingen. I 2013 blev Agnete Vienberg Hansen valgt som formand og Emil Sondaj Hansen som næstformand. D. 28. februar varslede KL lockout af 50.000 folkeskolelærere grundet uoverensstemmelser i overenskomstforhandlingerne. Dette resulterede i, at landets elever ikke kunne modtage den undervisning, de var berettiget til. Agnete, der blev døbt ”Dronningen af lockouten”, bad til at parterne snart ville nå til enighed, så eleverne kunne komme i skole igen. Efter 25 dage trådte regeringen ind, og eleverne kom i skole igen. Regeringen, DF, V og K nåede til enighed om folkeskolereformen, dog med forbehold for at faglig fordybelse og obligatorisk lektiecafe først trådte i kraft efter næste folketingsvalg. På baggrund af den internationale tur i vores nabolande skrev bestyrelsen et nyt politisk oplæg med navnet Nordisk Inspiration.

I 2014 indledte Danske Skoleelever en ny kampagne kendt som Ny Skole. Kampagnen havde til formål at informere eleverne om den nye folkeskolereform. Danske Skoleelever var utilfredse med mængden af information, eleverne havde fået om reformen og besluttede sig for at tage sagen i egen hånd. Der blev etableret en karavane, som kørte de sekretariatsfrivillige ud på skolerne for at informere elevrådene og indgå dialog om folkeskolereformen. Den første del af reformen blev indført ved skoleårets start, men skolerne havde svært ved at implementere alle tiltag fra reformen. Organisatorisk i foreningen skete der en større omvæltning ved generalforsamlingen, da region Syddanmark blev splittet op i region Fyn og region Sydjylland, samt næstformandsposten blev splittet op i en organisatorisk næstformand og en politisk næstformand. DSE største stormøde gennem tiderne blev afholdt i november 2014, hvor over 500 elever mødte op for at diskutere DSE’s politik. DSE’s medlemstal steg for første gang til over 900 kollektive medlemmer. Ved dette års generalforsamlingen blev Miranda Wernay Dagsson valgt som formand, Sandra Louise Harpøth Christensen som organisatorisk næstformand og August Solkær som politisk næstformand. I 2014 udgav DSE et politiske udspil ved navn Fra Reform til Virkelighed.

Efter tre år med det første elevinddragelsesprojekt viste resultaterne, at elever gerne så at elevinddragelsesindsatsen blev indledt tidligere i skoletiden end bare i udskolingen. Denne konklusion gav dermed anledning til en viderebygning af projektet, nu med fokus på yngre elever. Det nyvalgte formandskab, bestående af Silke J. Fogelberg som formand, August Solkær som organisatorisk næstformand og Mads Løjtved Rasmussen som politisk næstformand, stod i spidsen for et nyt politisk oplæg. Oplægget hed Folkeskolen Fremad og havde omdrejningspunktet trivsel og engagement. Oplægget var skrevet ud fra bekymringen om, at flere og flere elever mistede motivationen til at gå i skole. Det ønskede DSE at gøre noget ved.

2016 var et rigtig projektår i DSE. I forbindelse med den globale konference Women Delivers, som blev afholdt i København i maj, startede DSE et mindre projekt op omkring seksualundervisning. Elevinddragelsesprojektet startede op som et projekt i mellemtrinet, der på samme måde skulle løbe i tre år. Regeringen havde for år tilbage fremsat en målsætning om at 96% af de danske elever skulle inkluderes i den danske grundskole. Dette medførte, at Danske Skoleelever indledte et samarbejde med Danske Handicaporganisationer, som udmøntede sig i projektet Alle Med. Projektet havde til formål at bryde tabuer om handicaps og skabe et bedre fællesskab i klasserummet. Sekretariatsfrivillige og unge fra foreningen Sammenslutning Af Unge Med Handicap (SUMH) afholdte workshops for klasser og årgange i inklusion og sammenhold. Danske Skoleelever startede yderligere DM i Fagene, sammen med flere kommuner, uddannelsesinstitutioner og interessenter på skoleområdet. DM i Fagene var en tilbagevende konkurrence hvor elever i grundskolen dystede i skolefag. Projektet havde til formål at understrege, hvor sejt det er at være god til skolen. Til generalforsamlingen besluttede man at fjerne den politiske næstformand igen, men at udvide bestyrelsen med 6 menige regionsvalgte, så der var 1 formand og 3 menige regionsvalgte pr. region. Som formand blev Jens Vase Poulsen valgt og Mads Løjtved Rasmussen blev valgt som næstformand. Det var første gang i DSE’s historie, at en elev fra en fri- og privatskole var valgt til formand for organisationen. DSE udgav yderligere det politiske oplæg Elever til Tiden, som indeholdte seks konkrete forslag til, hvad den gode skole skulle indeholde, hvor udgangspunktet var, hvilke kompetencer der i fremtiden kræves af vores generation.

2017 var året, hvor folketinget vedtog en mobbelov. Helt bestemt kom der nu skærpede krav til antimobbestrategier og handlingsplaner samt oprettet en klageinstans, hvor elever nu havde mulighed for at klage, hvis skolen ikke tog hånd om mobning på skolen. Det var en stor sejr for DSE, at elevers rettigheder på mobbeområdet nu blev sikret. DSE’s bygning i Randers blev efterhånden for lille til mængden af frivillige. Der blev derfor købt en ny bolig i Risskov uden for Århus, der kunne rumme de mange frivillige og projekter. 24. februar flyttede sekretariatet derfor endnu engang til Århus. Projekternes tid var ikke overstået hos DSE. Der blev indgået et samarbejde med TDC om digital dannelse. TDC og Danske Skoleelever ønskede at skabe nogle bedre digitale fællesskaber hos børn og unge. Igennem samarbejde med 10 flagskibsklasser rundt i landet, skulle der udarbejdes læringsmateriale og en online platform, der gjorde det nemmere for skoler at gennemføre et kvalificeret undervisningsforløb i digitaldannelse, som elever selv havde været med til at udforme. I starten af 2017 blev både de regionale- og landsmesterskaberne i DM i Fagene afholdt, hvor mere end 650 elever dystede i dansk, matematik og idræt. Jakob Bonde Nielsen og Chili Stensgaard Bjerg Preisler-Andersen blev valgt som henholdsvis formand og næstformand ved dette års generalforsamling. Det er første gang i DSE’s historie, at der var kampvalg om formandsposten.

I året 2019 afholdt Danske Skoleelever 15 års jubilæum til den årlige generalforsamling. Generalforsamlingen havde det største antal deltagere siden året 2015.  

Året op til Generalforsamlingen 2020 var på mange måder et spændende, men også anderledes forenings-år. 

Foreningen lagde kræfterne i 3 mærkesager for grundskolen: 

• Et bedre undervisningsmiljø 
• En bedre seksualundervisning 
• En mere åben skoledag 

Der blev arbejdet med disse mærkesager på alle niveauer i foreningen. Der blev vedtaget nye resolutioner om emnerne på generalforsamlingen, de var gennemgående temaer til lokalarrangementer og de blev vendt med undervisningsministeren og samtlige ordfører. 

Særligt fokusset på det gode undervisningsmiljø var noget, der vakte støtte. Danske Skoleelevers fokus på undervisningsmiljø var med til at skabe projektet Vi Er UMR i samarbejde med Dansk center for undervisningsmiljø. En uddannelse for elevernes undervisningsmiljø-repræsentanter (UMR), der skal sikre at eleverne altid er med og kvalificeret til at tage diskussionen om deres klasselokaler, skolegårde og fællesarealer. 

Udover Vi Er UMR projektet så lancerede Danske Skoleever også projektet Peng Pong i samarbejde med Danske Bank. Projektet sætter fokus på finansiel dannelse for eleverne på mellemtrinet. Projektet er direkte baseret på en resolution om hverdagsøkonomi vedtaget på en tidligere generalforsamling. 

Organisatorisk var året 19/20 også stort for foreningen. Danske Skoleelever rundede hele 1000 medlemselevråd, hvilket betyder Danske Skoleelever repræsenterer cirka 400.000-tusind elever. 

Det er en imponerende milepæl, der udstråler en stor opbakning til Danske Skoleelevers mission og vision. 

I dette år havde Danske Skoleelever også den største bestyrelse nogensinde, hvilket var et direkte resultat af strukturændringen fra 2018. Den åbnende op for at endnu flere elever fra flere dele af landet kunne få indflydelse og engagere sig i Danske Skoleelevers bestyrelse. 

DSE i 2020 var som alle andre stærkt præget af Coronapandemien, men derudover var fokus også på undervisningsmiljø og hverdagsøkonomi. Man satte gang i projektet ”Vi er UMR”, som går ud på at uddanne undervisningsmiljørepræsentanterne som skal undervise andre elever på deres skoler i undervisningsmiljø. Derudover igangsatte man projektet ”Peng’ Pong – Sætter hverdagsøkonomi på skoleskemaet”, som er et undervisningsmateriale om hverdagsøkonomi til mellemtrinnet. Danske Skoleelever aflyser alle skolebesøg og udadgående arrangementer mellem den 12. marts og 13. april på grund af Coronavirus. DSE vælger ekstraordinært at udsætte generalforsamlingen til efteråret grundet Coronavirus. Formandskabet gik stadig af den 31. juni og blev erstattet af en arbejdsgruppe bestående af Esther Vyff Petersen som fungerende formand, Rasmus Ditlefsen og Mathias Keimling som fungerende næstformænd. Arbejdsgruppen fungerede som fungerende formandskab frem til generalforsamlingen 2020. Thea Enevoldsen og Leanor Dall var dog formelt formand og næstformand indtil generalforsamlingen var afholdt. Bestyrelsesmedlemmer, som afsluttede deres grundskole i 2020, trådte ud af bestyrelsen den 1. juni. Dette inkluderede ikke arbejdsgruppen, som skulle fungere som formandskab. DSE modtager Danmarks UNICEF-prisen 2020 “fordi elevorganisationen modigt tør stille sig frem og kæmpe børn og skoleelevers sag.” Efter et kampvalg til formandsposten til generalforsamlingen i november 2020, som også var foreningens første online generalforsamling, blev Esther Vyff Petersen valgt som formand.